Es war der 11. November 1123, als Friedenweiler erstmals Erwähnung fand, damals noch unter dem Namen „Fridenwilare“. In dem von diesem Tag datierenden Vertrag zwischen den Klöstern Reichenau und St. Georgen wurde ein Tausch von Grundbesitz besiegelt. Dieser erfolgte zum einen, um die Gründung eines benediktinischen Frauenklosters zu ermöglichen, zum anderen, um den Wald zu erschlieBen. 16 Jahr später konnte der Klosterbau fertiggestellt werden.
1536 trat der Abt von St. Georgen das Kloster an den inzwischen protestantisch gewordenen Grafen von Fürstenberg ab, das Klostergebäude wurde nun nur noch von einer einzigen Nonne betreut. Die änderte sich aber ab 1750, nachdem das Haus Fürstenberg zum katholischen Glauben zurückgekehrt war. Das Kloster füllte sich wieder mit Leben, Zisterzienserinnen aus Lichtenthal hielten Einzug. Das Kloster lebte unter die Zisterzienserinnen neu auf.
Nach Bränden in den Jahren 1452 und 1499 wurde das Kloster durch einen weiteren Großbrand im Jahr 1725 in Schutt und Asche gelegt, bei dem auch das Gnadenbild vernichtet wurde. Dem Brand folgte der Wiederaufbau durch den bekannten Baumeister Peter Thumb, die Einweihung erfolgte 1729. Die Peter-Thumb-Kirche ist noch heute gut erhalten.
Es folgten einige ruhige Jahre, die durch die Napoleonischen Kriege beendet wurden. Die Säkularisation machte auch vor Friedenweiler nicht halt, die Klosterherrschaft endete 1802 aufgrund des Säkularisationsgesetzes, die Klosterkirche wurde nun als Pfarrkirche genutzt. Mit Kaufvertrag vom 1. Juli 1801 zwischen dem Kloster und dem Fürsten zu Fürstenberg ging zunächst der klösterliche Wald in das Besitztum des Fürsten über. Am 16. November 1802 wurde das gesamte klösterliche Eigentum auf den Fürsten übertragen.
Nach der Auslösung des Klosters begann sich ein eigenständiges Gemeindeleben zu entwickeln mit einem eigenen Bürgermeister, Gemeinderat und eigener Verantwortung in allen gemeinschaftlichen Dingen. Als Beginn der politischen Gemeinde Friedenweiler wird das Jahr 1804 angesehen.
Das Klostergebäude diente künftig anderen Zwecken, zunächst als fürstliches Jagdschloss und Forstamt, später als Brauerei. Von 1927 bis 1983 wurde das Gebäude von der Caritas als Kindererholungsstätte geführt und dient seit 1989 als Seniorenresidenz.
Die Gemeindereform brachte eine weitere Veränderung, 1975 fusionierten die beiden benachbarten Gemeinden Friedenweiler und Rötenbach.
Von Christiane Sahli